广西壮族自治区基督教三自爱国运动委员会成立于1956年，是全区基督徒的爱国组织。1956年6月15日至20日，广西基督教在南宁召开了广西基督教三自爱国运动第一届代表会议，会议一致通过成立“广西基督教三自爱国运动委员会”。现任广西基督教三自爱国运动委员会主席为覃凤珍牧师。

广西壮族自治区基督教协会成立于1985年，是全区性的教务组织。1985年6月13日，广西基督教第五届代表会议在南宁召开，大会正式通过成立广西基督教协会。现任广西基督教协会会长为王从联牧师。

两会联合办公，分工合作，旨在协助和指导区内各地教会加强自身建设，传扬福音，办好教会。广西基督教两会最高机构为广西基督教全区代表会议，每5年一届。负责审议《两会工作报告》并选举广西基督教三自爱国运动委员会新一届主席、副主席、秘书长，选举广西基督教协会的会长、副会长、总干事。

两会会址原址设在南宁市七星路90号“书念楼”，于2013年迁址至南宁市兴宁区邕武路8-4号。